Cet article présente les travaux de recherche de thomson et al. (2024) intitulés « preliminary functional analysis of the gut microbiome in colic horses », publiés dans la revue animals. Cette étude de cas-témoins explore les modifications de la composition bactérienne et des fonctionnalités métaboliques associées aux coliques équines via le séquençage de l'arnr 16s (16s rrna sequencing). - - Méthodologie et cadre de l'étude - - Les chercheurs ont recruté 28 chevaux adultes, divisés en deux groupes : 14 chevaux sains (témoins) et 14 chevaux admis pour une colique du gros intestin (large intestine colic) ayant nécessité une résolution chirurgicale. L’analyse métagénomique a ciblé les régions v3/v4 du gène de l'arnr 16s, complétée par l'outil picrust2 pour prédire les fonctions métaboliques enrichies dans le microbiome fécal. - - Dysbiose et altérations taxonomiques majeures - - Les résultats confirment que le microbiome intestinal équin est dominé par les phyla firmicuteota (anciennement firmicutes), bacteroidota et pseudomonadota. Cependant, les chevaux ayant eu des coliques présentent des signes marqués de dysbiose (dysbiosis) : - - • réduction de la diversité alpha : une perte significative de la richesse et de la diversité bactérienne (alpha diversity), mesurée par l'indice de shannon, a été observée chez les chevaux en colique. - - • effondrement des bactéries cellulolytiques : l'étude note une réduction de l'abondance du genre fibrobacter, des bactéries cellulolytiques (cellulolytic bacteria) essentielles à la fermentation des fibres dans l'intestin postérieur (hindgut). cette diminution pourrait corréler avec une capacité réduite de dégradation des fibres lors d'épisodes de colique. - - • prolifération de pathogènes opportunistes : une augmentation significative de streptococcus (bactéries lactiques) a été identifiée chez les chevaux malades. ce surpeuplement peut modifier le ph intestinal et perturber les schémas de fermentation. - - Signatures métaboliques et environnement pro-inflammatoire - - L’originalité de cette étude réside dans la prédiction des fonctions métaboliques. Le microbiome des chevaux ayant eu des coliques est enrichi en voies de respiration aérobie (aerobic respiration pathways) et en dégradation des acides gras et des acides aminés. - - Les chercheurs ont observé une réduction de la biosynthèse de l'hème (heme biosynthesis) et du cycle de l'acide tricarboxylique (tca cycle - tricarboxylic acid cycle). Ces changements suggèrent une transition des conditions aérobies vers des conditions anaérobies, favorisant un environnement intestinal pro-inflammatoire (pro-inflammatory gut environment). L’augmentation de la dégradation de métabolites comme la lysine, l'arginine et les purines pourrait contribuer à la production de molécules nocives telles que l'ammoniac (ammonia) ou le sulfure d'hydrogène (hydrogen sulfide). - - - - Un déséquilibre majeur de la flore intestinale (Dysbiose) - - La flore intestinale d'un cheval en bonne santé est une communauté riche et variée, dominée par trois grandes familles de bactéries. Cependant, chez les chevaux souffrant de coliques, les sources montrent que cet équilibre est rompu, ce qu'on appelle une dysbiose. - - • Perte de diversité : On observe une baisse significative de la variété des bactéries présentes dans l'intestin. C’est un signal d'alerte important, car un microbiome moins diversifié est souvent associé à l'apparition de maladies. - - • Disparition des bonnes bactéries : Les bactéries spécialisées dans la digestion des fibres (comme le genre Fibrobacter), essentielles pour transformer le foin et l'herbe en énergie, diminuent fortement. Cela signifie que le cheval digère moins bien ses aliments de base pendant une colique. - - • Prolifération de bactéries opportunistes : À l'inverse, certaines bactéries comme les Streptococcus se multiplient de façon anormale. Ce surpeuplement peut modifier l'acidité (le pH) de l'intestin et perturber gravement la fermentation naturelle. - - - - Un fonctionnement interne dégradé - - L'originalité de cette étude est d'avoir analysé non seulement l'identité des bactéries, mais aussi la manière dont elles travaillent. Chez les chevaux ayant eu des coliques, le fonctionnement métabolique de la flore change radicalement : - - • Changement de respiration : Les bactéries passent d'un mode de fonctionnement sain à un mode qui favorise un environnement pro-inflammatoire dans l'intestin. - - • Production de substances nocives : Au lieu de produire des nutriments bénéfiques, la flore perturbée se met à dégrader certaines protéines d'une manière qui libère des molécules toxiques, comme l'ammoniac ou le sulfure d'hydrogène. Ces substances sont connues pour agresser la paroi intestinale et aggraver l'inflammation. - - Ainsi, les coliques s'accompagnent d'un véritable bouleversement microscopique où les protecteurs de l'intestin disparaissent au profit de microbes qui entretiennent l'inflammation. - - - - Implications cliniques et nutritionnelles - - Ces observations soulignent l'importance de maintenir l'homéostasie du microbiome par une gestion alimentaire rigoureuse, privilégiant les fibres pour soutenir les populations de bactéries fibrolytiques comme fibrobacter. Les altérations microbiennes documentées par thomson et al. pourraient servir de base au développement de nouvelles interventions préventives ou thérapeutiques. - - Bien que ces données offrent des pistes diagnostiques précieuses, l'interprétation clinique de ces biomarqueurs reste complexe. En cas de suspicion de troubles digestifs ou de modifications du transit, le vétérinaire demeure le seul professionnel compétent pour poser un diagnostic précis et instaurer un protocole de soins adapté. - - - - Citation: Thomson, P.; Garrido, D.; Santibáñez, R.; Lara, F. Preliminary Functional Analysis of the Gut - - Microbiome in Colic Horses. Animals 2024, 14, 3222. https://doi.org/10.3390/ani14223222
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